剛剛被宣布獲得今年諾貝爾物理學獎的美籍日裔學者中山修二對日本的研究環境提出了批評，稱日本學者面臨的限制太多。與此同時，日本媒體也對日本今后的科技發展表示擔憂，認為日本在科研經費投入、人才培養機制方面存在不足。
《朝日新聞》的報道稱，獲得今年諾貝爾物理學獎的日本學者的主要研究成果產生于上世紀80年代至90年代前半，當時日本的科研經費以每年10%至20%的增幅迅速增長。但是受財政困難等因素影響，日本從2000年開始在科研方面的經費投入再無明顯增長。
與此同時，日本的人才培養狀況也每況愈下。進入博士課程的人數在2003年達到頂峰后開始大幅減少，而且接受博士的工作崗位也有限，這使得很多博士研究生無法活動終身雇傭待遇的工作崗位，因此也無法踏實地開展研究。
此外，對于諾貝爾獎比較重視的基礎研究，日本國內也出現不安的聲音，認為基礎研究有被弱化的傾向。日本政府文部科學省稱，截止2012年的3年間，日本學者平均每年發表的科學論文數量為6萬3928篇，增幅為5.4%，而20年前的增速為7.8%。
日本文部科學省2013年公布的一項針對一線研究人員的調查顯示，研究人員認為，“與2001年前后相比，耗時長的研究和新領域的研究減少了”，“短期內能出成果、‘跟風型’的研究增加了”。